Mitsuha Miyamizu adalah seorang gadis sekolah menengah yang sangat ingin menjalani kehidupan seorang anak laki-laki di kota Tokyo yang ramai. Mimpi yang sangat kontras dengan kehidupannya saat ini di pedesaan. Sementara itu di kota, Taki Tachibana menjalani kehidupan yang sibuk sebagai siswa sekolah menengah sambil bekerja paruh waktu dan ingin menjadi arsitektur di masa depan.

Suatu hari, Mitsuha terbangun di sebuah ruangan yang bukan miliknya dan tiba-tiba menemukan dirinya menjalani kehidupan impian di Tokyo, tetapi dalam tubuh Taki! Di tempat lain, Taki mendapati dirinya menjalani kehidupan Mitsuha di pedesaan yang sederhana. Untuk mengetahui jawaban atas fenomena aneh ini, mereka mulai mencari satu sama lain.

Kimi no Na wa. bercerita di sekitar tindakan Mitsuha dan Taki, yang mulai memiliki dampak dramatis pada kehidupan satu sama lain dan menenunnya menjadi kain yang disatukan oleh nasib dan keadaan.